中国宙斯盾

小智、皮卡丘、长尾怪手终于到达神奥地方。小智在打电话给大木博士的途中遇到了火箭队的突袭而同皮卡丘失散，便与长尾怪手立刻出发寻找皮卡丘的身影；另一方面，新人训练家小光的妈妈彩子曾是顶尖协调训练家，小光亦想成为顶尖协调训练家，于是由双叶镇出发展开路程。在其后，小智的同伴小刚归队，二人邂逅了小光。自此，三人一同结伴旅行。 几经辛苦，小光终于集齐5枚缎带徽章，她在神奥华丽大型庆典表示出色，首次参加便晋级至决赛，但在决赛以稍微差距败于好友小望；小智亦集齐8枚徽章，他在神奥联盟有好开始，在第1回战打败尚志，第2回战打败某女路人，第3回战(16强)打败考平，8强更打败真司，可是他无法势如破竹而在准决赛惨败于达克多，4强出局。 神奥之旅随着神奥联盟结束而来到尾声，小智及小刚曾邀请小光一同前往关都地方，但小光因卷卷耳被邀请而不能前来，当天日落，小智在码头上和小光以最后一次击掌道别，与皮卡丘及小刚乘船返回关都地方。翌日日出后，小智和小刚回到关都地方，在往真新镇及尼比市的分叉路口，小智和小刚握手及互相祝福对方后正式告别。小智和皮卡丘终于看见真新镇，他们跑进返回真新镇前的最后一段路，神奥之旅正式划上句号。。故事开始于一座名为克利得摩的监狱之中，在很多年前，这座监狱里发生了一些非常可怕的事情，导致监狱被关闭了。一晃眼多年过去，渐渐淡忘了从前悲剧的人们决定重新开启监狱，霍顿（阿伦·迪安·斯奈德 Arlen Dean Snyder 饰）被派往了这里，成为了监狱的典狱长。实际上，这并不是霍顿第一次来到克利得摩了，他曾经是这里的警卫。 当监狱重新开放之后，这里关押的犯人和在这里工作的职员们渐渐发现，在这所监狱里，正在发生一些科学无法解释的邪恶的事情，尤其是犯人们，他们遭受了非人的折磨。为了拯救这些无辜的人，犯人康尼（维果·莫腾森 Viggo Mortensen 饰）和犯罪学家凯瑟琳（Chelsea Field 饰）决定联手，调查多年前事件的真相，阻止悲剧的重演。。